每个年龄段均可发生，主要集中在青年人群。对于有自身免疫性疾病或者存在长期慢性炎症状态的人群，可能增加心肌炎发生的风险。某些类型的心肌炎，还与基因（家族聚集性心肌炎）和肠道菌群失调相关。

心肌炎主要与心肌发生不适当的免疫反应有关，可以理解为免疫系统在清除感染的同时攻击心肌细胞，或者免疫系统把心肌细胞作为外来物攻击。青年人常常因为错误且强烈的免疫反应导致心肌细胞大量损伤，因而心肌炎发生率高。